Большую научную работу Сергей Семенович успешно сочетал с педагогической деятельностью, создав блестящую научную школу, насчитывающую сотни учеников и последователей. Преподаванием С.С. Наметкин стал заниматься очень рано. Сразу же после окончания в 1902 г. МГУ, он был по ходатайству Н.Д. Зелинского оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию по кафедре химии.

С.С.Наметкин	С.С.Наметкин в лаборатории на высших женских курсах	С.С.Наметкин - ректор 2-ого МГУ (1919-1924 гг.)

В 1905 г. С.С. Наметкин был утвержден сверхштатным лаборантом и приступил к руководству занятиями студентов, сначала по качественному анализу, затем также по органической химии вплоть до 1911 г., когда большая часть профессоров, в том числе Н.Д. Зелинский, С.С. Наметкин,, покинули университет в знак протеста против действий Правительства того времени. Одновременно с этим по рекомендации Н.Д. Зелинского С.С. Наметкин был приглашен на должность старшего ассистента кафедры и лаборатории органической химии Московских высших женских курсов, впоследствии ставших Московским государственным педагогическим университетом.

В 1912 г., имея ученую степень магистра химии, С.С.Наметкин был избран профессором физико-математического факультета Московских высших женских курсов и получил в заведывание кафедру и лабораторию органической химии, которую возглавлял до 1938 г.

В 1927 г. С.С. Наметкин организует и возглавляет (по совместительству) кафедру органической химии и химии нефти на нефтяном факультете Московской горной академии и затем в Московском институте нефти им. И.М. Губкина, созданном на базе нефтяного факультета горной академии.

В 1917 г. после свержения самодержавия С.С. Наметкин возвращается профессором в первый МГУ и остается в нем до конца своей жизни, совмещая с деятельностью в других учебных заведениях и научных институтах. В МГУ он в течение нескольких лет читал курс органической химии для студентов-биологов и геологов, а также специальный курс по химии алициклических соединений и эфирным маслам для химиков. В 1938 - 1944 г.г. заведовал кафедрой органической химии, а затем кафедрой специального органического анализа и синтеза на химическом факультете.

С.С.Наметкин с коллегами и учениками, 1940 г.	Ученики и последователи С.С.Наметкина